自從民國83年中央研究院在李遠哲院長支持下，推動「東南亞區域研究計畫」，有系統、組織地以「區域研究」為主體，進行東南亞的歷史、考古、語言、文化；戰後政治、經濟、社會轉型以及華人與當地族群關係等基礎研究。其後，若干教學機構也相繼成立相關所與中心，如淡江大學東南亞研究所、暨南大學東南亞研究中心暨研究所、成功大學東南亞研究中心、中山大學東南亞研究中心。同時政治大學國際關係研究中心、中華經濟研究院、台灣經濟研究院、國策研究院、亞太綜合研究院等，都有與東南亞研究相關之部門或計畫。

      經過十年的耕耘，培育了相當數量的專業研究人才，台灣的「東南亞區域研究社群」儼然成形，而有成立學會之議，本院亞太區域研究專題中心執行長蕭新煌教授遂與七十位專家學者於93年聯名發起籌辦「台灣東南亞學會」，並獲內政部同意。94年4月29日舉行成立大會，蕭教授當選第一屆理事長。

      十年來，相關研究教學機構側重學術探討，台灣東南亞學會希望能扮演結合學術研究、社會教育與政策建言之三重功能，做到多學門的整合和交流，並豐富台灣社會文化生活的全球化視野。