本院劉翠溶院士自2003年10月1日起擔任本院副院長職務，已於2009年12月31日卸任，新任副院長為王汎森院士。卸、新任副院長交接典禮業於2010年1月4日下午2點30分假本院人文社會館四樓交誼廳舉行。
劉翠溶副院長於1974年獲美國哈佛大學博士學位。她曾在本院歷史語言研究所、美國文化研究所、經濟研究所、及台灣史研究所從事研究工作，主要研究領域是經濟史、人口史和環境史。她在1996年當選中央研究院院士，於1998-2003年間擔任台灣史研究所籌備處主任，又於2003年接受李遠哲前院長任命，擔任副院長；2006年復由翁啟惠院長任命，續任副院長。
於副院長任內，劉翠溶院士除襄助院長處理本院行政工作外，也致力協調人文及社會科學組的研究工作。她曾在2004-2005年兼代人文社會科學研究中心主任，以跨學科的視野，整合研究資源與行政機制，使「中山人文社會科學研究所」與「蔡元培人文社會科學研究中心」成功整合為「人文社會科學研究中心」，充分實踐跨學科研究之理念。在推動本院人文社會科學研究工作之外，劉翠溶副院長同時還擔任本院出版、法制等委員會之召集人。
劉翠溶副院長自2007年1月起應行政院國家科學委員會之聘，擔任數位典藏國家型科技計畫總主持人，並自2008年起擔任整合後的數位典藏與數位學習國家型科技計畫總主持人。卸任後，她將專職於台灣史研究所特聘研究員，從事她最熱愛的研究工作。
新任王汎森副院長於1985年進入本院歷史語言研究所擔任助理研究員，1993年獲得普林斯頓大學博士，歷任副研究員（1993-1998）、研究員（1998-2005），現在是本院歷史語言研究所特聘研究員（2005--）。王汎森副院長的專長為從明清到近現代中國的思想史、學術史、文化史。2004年當選中央研究院院士，2005年獲頒選為英國皇家歷史學會會士。
王汎森副院長學術及行政經歷豐富。他曾經擔任行政院國家科學委員會人文及社會科學處處長（2000-2002）、本院蔡元培人文社會科學研究中心主任（2003-2004），以及本院史語所所長（2003-2009）。目前任教於國立台灣大學、國立清華大學，並為中興大學榮譽講座教授。王汎森副院長還擔任國科會人文處諮議委員（2003--）、教育部學術審議委員（2003--）、漢學研究中心委員會指導委員（2004--）、傅爾布萊特基金會董事（2008-）等。王汎森副院長也參與若干高等教育事務，受聘為中興大學、清華大學、交通大學、中山大學的校務諮詢委員。
