2009年總統科學獎於12月15日公布得獎名單,由本院生命科學組錢煦院士、廖一久院士及人文社會科學組李壬癸院士獲獎,並於12月18日在總統府接受總統馬英九頒獎。 總統科學獎係為獎勵數理科學、生命科學、社會科學及應用科學在國際學術研究上具有創新性且貢獻卓著之學者。生命科學組獲獎人錢煦院士,致力於血液流變學及生物工程學,是「動力導致信息傳遞及基因表達機制」的先驅者。應用科學組得主獲獎人廖一久院士,奠定台灣魚蝦人工繁殖技術的基礎,為台灣贏得「養殖王國」的美譽。社會科學組獲獎人李壬癸院士,長期研究南島語言,是第一個繪製「台灣南島民族遷移圖」的學者 。
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