本院96年深耕計畫共有24件推薦案,其中數理組6件,生命組14件,人文組4件。審議結果共有9位候選人獲得本計畫經費補助。獲選名單如下(依姓氏筆劃排列順序):數理科學組:張煥正(原子與分子科學研究所)、程舜仁(數學研究所) 生命科學組:林小喬(生物醫學科學研究所)、林納生(植物暨微生物學研究所)、 賀端華(植物暨微生物學研究所)、蕭傳鐙(分子生物研究所)人文及社會科學組:石守謙(歷史語言研究所)、李奭學(中國文哲研究所)、 簡錦漢(經濟研究所)