本院96年深耕計畫共有24件推薦案，其中數理組6件，生命組14件，人文組4件。審議結果共有9位候選人獲得本計畫經費補助。獲選名單如下（依姓氏筆劃排列順序）：
數理科學組：張煥正（原子與分子科學研究所）、程舜仁（數學研究所）
生命科學組：林小喬（生物醫學科學研究所）、林納生（植物暨微生物學研究所）、
                    賀端華（植物暨微生物學研究所）、蕭傳鐙（分子生物研究所）
人文及社會科學組：石守謙（歷史語言研究所）、李奭學（中國文哲研究所）、
                    簡錦漢（經濟研究所）