經過統計，在Thomson Scientific收錄SCI期刊中，由中研院研究人員所參與發表之論文（限定作者10名以內），自2000年以來被引用次數最高之前10名，其中第一名被引用次數達204次，依次是170， 166；生物多樣性研究中心趙淑妙研究員等於2000年在PNAS期刊所發表之 ”Seed plant phylogeny inferred from all three plant genomes: Monophyly of extant gymnosperms and origin of Gnetales from conifers”，被引用次數為133次，排名第4。該文章主要探討現生種子植物（Spermatophyta）的演化。種子植物共有五大類群：開花（或顯花）植物門 (Magnoliophtya)、蘇鐵植物門 (Cycadophyta)、銀杏門 (Ginkgophyta)、松柏植物門 (Coniferophyta)、和買麻藤植物門 (Gnetophyta)。它們彼此間的親緣關係與演化，一直相當有爭議；尤其是後四大類群（總稱為裸子植物）（見圖一），因為現生的四大類裸子植物已有3億年的歷史，中間型化石缺乏，又外表形態差異相當大，令人難以相信它們有共同的起源（或來自相同的祖先）。因此，過去一百多年來，裸子植物的四大類群都被認為是多源的，且其中的某一類群可能是開花植物的祖先。這篇論文首次利用三組不同遺傳來源的基因（核的18SrRNA、葉綠體的rbcL、粒線體18SrRNA）推論：（1）裸子植物和開花植物各為單源群，也就是說任何現生類群的裸子植物都不可能是開花植物的祖先或姊妹群，它們的共同祖先可能須追溯到已在二億年前滅絕的種子蕨植物(pteridosperms)；（2）買麻藤植物可能是松科而不是開花植物的姊妹群。同時，再次支持該研究室過去所提出的二個假說「種子僅演化出一次 (The seeds evolved only once)」和「紅豆杉科植物是較進化的松柏植物」(Chaw et al. 1995, 1997)，並推翻過去一個多世紀來教科書的看法：紅豆杉科植物比松柏植物更原始，應從後者獨立出來。