95年3月20日中國時報A5版報導：「…李遠哲十多年前返國時，向各大企業募集資金成立傑出人才基金會，國內學術界菁英未接受過獎助的少之又少。不過院長擁有『私人小金庫』是很有爭議的…」。看到上述報導，本人深覺有必要對外說明，以正視聽。
        回到台灣（中研院）服務，並不是為了個人，也不想沽名釣譽，僅希望能為這塊土地盡點心力。本人認為知識份子除埋首於學術研究工作外，亦應竭盡所能為社會奉獻，故在公忙之餘，亦參與國內民間非營利組織。這些組織均屬合法立案的基金會，有其組織章程及運作規範，絕非一人所能主導。本人參與期間不但未支領任何薪資、車馬費，而且多次捐款給這些基金會。本人參與民間基金會之狀況略述如下：

1. 傑出人才發展基金會：
   回國後因有感於當時中研院雖有特聘研究員制度，但政府的薪資及研究獎助費制度對大學及其他學術研究單位而言，不利爭取國外學者回國服務，故成立此基金會對外募款，共募得十億元經費，用以積極延攬優秀人才回國長期服務，也獎助國內傑出人才的培養。迄今補助130位傑出的學人，其中包含多位大學校長、院長、及國內研究中心主任等，對於提升國內研究水準，貢獻良多。本人是此基金會的董事長，但基金會名稱並沒有用本人的名字。
2. 吳健雄學術基金會：
   該基金會以推動高中學生科普教育為目標，每年均辦理夏令營活動。許多國外學者來訪時，對於台大物理系在大學聯考的志願排名，高居第二名，表示驚訝，紛紛詢問我國是如何培養年輕學子的基礎科學研究興趣，這是因為吳健雄基金會扮演很重要的推手角色。為能使更多學子受惠，本人會主動參與此基金會的運作，基金會的董事長是劉兆漢院士。
3. 吳大猷學術基金會：
   該基金會以推動大學生科學教育以及科普書籍獎勵為目標，每年亦會辦理夏令營活動，董事長是沈君山博士。
4. 張昭鼎紀念基金會：
   張教授為本院原分所第一任籌備處主任，是我的故友，他因病驟然辭世後，許多朋友成立此基金會來紀念他。基金會主要協助的對象是國中、國小以及新竹地區原住民部落的小朋友，希望能協助解決他們的教育問題。另外，也從事中學教師的培養工作，希望能加強國中老師的科學教育能力。此基金會的董事長是黃榮村校長。
5. 雲門舞集名譽董事長：
   本人剛回國時，雲門舞集的財務狀況不很理想，但雲門是國內很好的藝文團體，所以同意擔任名譽董事長乙職，幫助他們對外募款。這些年來，雲門的營運狀況已經有大幅度的改善，他們卓越的成就也受到各界的肯定。
6. 遠哲科學教育基金會：
   數年前一些科技學者積極鼓勵企業捐助資金，藉以推動科學教育活動，捐贈者希望以本人的名字作為基金會的名稱。基於協助推動國內科普教育之想法，遂同意該基金會用本人名義成立。但本人不為此基金會募款，也不參與其運作，僅為每年科學競賽的優勝隊伍頒獎。

本人希望下任院長也能熱心參與非營利性民間的社團，為社會多盡些力。