本院資訊科學研究所許鈞南實驗室與陽明大學生物資訊研究所鍾翊方實驗室研究生共同組成的研究團隊，在西班牙馬德里舉行的第2屆BioCreative分子生物文獻探勘評比挑戰中大放異采。他們以兩種不同的方法，擊敗來自美國賓州大學，國家生物科技資訊中心(NCBI)，英國劍橋大學，荷蘭、西班牙、德國、韓國、中國等世界名校的研究團隊，囊括了世界第2名與第3名。雖然第1名由美國IBM Watson研究中心獲得，但大會表示，前3名方法的差距在統計誤差範圍內，因此前3名的方法可以並列為最佳成績；另外，在調整抽樣偏離後，中研院─陽明團隊所發表的第一種方法，就由原來的第2名躍居為世界第一。

　　本次評比項目，是由大量的生物醫學論文中，以電腦系統自動擷取其中的基因與基因產物（如蛋白質）的名稱。此系統除了有助於生物醫學研究者搜尋相關的論文，也可以讓電腦由論文中大量擷取特定的分子生物現象（如蛋白質交互作用，生物反應路徑等），節省實際操作實驗驗證所需的大量人力物力與時間，因此各國均投入大量資源進行研發。這項評比的挑戰性在於基因名稱在論文中沒有統一的命名方式，而且容易與其他生物醫學名詞混淆。中研院─陽明團隊使用機器學習演算法，由一萬五千句標注好的訓練樣本，歸納出準確的統計模型。同時，許鈞南實驗室在提升機器學習演算法的效能還有許多重要的成果，將在近期內發表。