許聞廉特聘研究員從事中文自然語言及生物文獻探勘研究，成就卓越，所發明之「自然輸入法」，廣被使用，對電腦普及化貢獻卓著。他結合計算理論及自然語言的研究經驗，發展出更精確的蛋白質結構預測法，建立全世界第一個生物體關係自動標註系統，在生物文獻探勘系統領先全球。