張美惠院士於本（2017）年10月23日獲頒美國肝病學會（AASLD）「傑出成就獎」（Distinguished Achievement Award）。張院士創立臺灣兒童肝膽胃腸科，專注於兒童肝病，尤其是肝炎與肝癌之研究，也曾開創世界第一個膽道閉鎖症之篩檢系統，提升早期診斷及長期存活率。

　　張院士曾獲頒許多重要學術榮譽，包括國科會傑出獎與特約研究獎、行政院傑出科技榮譽獎、教育部學術獎、教育部國家講座、臺灣傑出女科學家獎、 ISI論文高引用經典獎、國際肝臟學會（IASL）Sheila Sherlock獎、亞洲傑出兒科醫師獎、世界科學院獎（TWAS Prize），以及加拿大肝臟學會（CASL）Sass-Kortsak獎等獎項，並於2014年獲選為本院生命科學組院士。