「教育部學術獎」係為獎勵學術研究，提高學術水準而設置。得獎人為國內從事學術研究有重要貢獻或傑出成就，並獲學術界肯定者。第59屆學術獎各分科獲獎名單中，本院近代史研究所林滿紅研究員榮獲「人文及藝術類科」獎、地球科學研究所黃柏壽研究員榮獲「數學及自然科學類科」獎、植物暨微生物學研究所吳素幸研究員與生物化學研究所陳瑞華特聘研究員榮獲「生物及醫農科學類科」獎，頒獎典禮訂104年12月舉行。