本院為鼓勵人文及社會科學學者出版專書，深入研究學術議題並作出重要貢獻，特設立「中央研究院人文及社會科學學術性專書獎」。本年度共選五位學者專著獲獎。每人獲頒獎金新臺幣60萬元及獎牌1面。

第三屆得獎人及得獎專書如下（依姓氏筆畫排序）：

李奭學，中央研究院中國文哲研究所研究員

《譯述：明末耶穌會翻譯文學論》，香港：香港中文大學出版社，2012。

黃自進，中央研究院近代史研究所研究員

《蔣介石與日本：一部近代中日關係史的縮影》，臺北：中央研究院近代史研究所，2012。

黃舒芃，中央研究院法律學研究所研究員

Bestimmte Bindung unter Unbestimmtheitsbedingungen: Eine institutionelle Analyse zur Funktion der unbestimmten Rechtsbegriffe im Umwelt- und im Telekommunikationsrecht（《不確定情境下的拘束：環境法與電信法領域中不確定法律概念功能之制度性分析》），德國杜賓根：摩爾‧茲貝克出版社（Mohr Siebeck），2013。

蕭高彥，中央研究院人文社會科學研究中心研究員

《西方共和主義思想史論》，臺北：聯經出版公司，2013。

嚴志雄，中央研究院中國文哲研究所研究員

    《錢謙益〈病榻消寒雜咏〉論釋》，臺北：中央研究院、聯經出版公司，2012。