九十年度新增主題研究計畫申請案計有38件（數理組15件、生物組10件、人文組13件），申請經費合計約365,000,000元（數理組214,095,000元、生物組93,345,000元、人文組58,458,000元）。業經學術諮詢總會審核會議核定通過12件（數理組6件、生物組2件、人文組4件），補助經費約新台幣61,982,000元（數理組40,000,000元、生物組10,020,000元、人文組11,962,000元），通過之經費比率約佔17%，通過計畫如下列：

A：數理組

編號	計畫名稱 （子計畫名稱）	主持人	單　　　　　　　位	補助經費
1	最佳化運用在計算生物學 -1 X光相位及巨分子結構，實驗與理論研究 -2由晶結模型蛋白質瞭解真正蛋白質 -3從豆象行為之研究到計算模型之建立及認知生態學	李定國 張石麟 李定國 謝復興	本院物理所 清華大學物理系 本院物理所 本院統計所	三百萬元
2	以精密之太空質譜儀觀測宇宙射線（第Ⅱ期）	李世昌 劉金陵 張元翰 闕志鴻 袁　旂 葉　平	本院物理所 中山科學研究院 中央大學物理所 台灣大學物理所 本院天文所 本院物理所	九百萬元
3	Protein Folding and Unfolding: Probing the Free Energy Landscape of a Protein -1 A New Method to Study the Early Kinetic Events in Protein Folding: Laser Flash Photolysis of Caged Peptides -2 Design and Synthsis of New Linkers for Protein Folding -3 Fast Folding Kinetics of Coiled-Coil Helix Proteins -4 Investigation of the Early Folding Events of Calmodulin -5 Examining the Early Folding Events in Fibroblast Growth factor -6 Early Events in the Refolding of Staphococcal Nuclease Mutants -7 Folding of α/βProtein-Onconase -8 The Role of Disulfide Bond-Formation in Protein Folding -9 Spectroscopy Methods to study Rapid Protein Folding in Real Time. II Fluorescence Energy Transfer -10 Spectra Investigations of Structure and Dynamics of Protein Folding -11 Molecular Dynamics Simulations of Protein Folding and Unfolding -12 Recognition of 3D Topological Folds and Structural Cores of Proteins -13 Theoretical Studies of Protein Folding on Off-Lattice Models -14 Theoretical Investigation of Protein Folding by Using the Master Equation Approach	陳長謙 陳長謙 　 陸天堯 張定國 錢嘉琳 余　靖 余　靖 陳惠明 黃太煌 莊偉哲 范文祥 　 張大釗 林小喬 黃明經 牟中原 林聖賢	本院化學所 本院化學所 　 台大化學系 本院化學所 東華化學系 清華化學系 清華化學系 香港科技大學 本院生醫所 成大醫學院生化所 本院原分所 　 本院原分所 本院生醫所 本院生醫所 台大化學系 本院原分所	一千萬元
4	時空與環境統計研究	黃景祥 黃信誠	本院統計所 本院統計所	三百萬元
5	智慧型運輸系統之尖端資訊科技研究 　 -1智慧型交通系統之即時資訊系統 　 -2車用資訊處理器之設計 -3交通路徑案例式選擇系統 -4運用電腦視覺技術之交通雍塞偵測系統 -5支援動態的智慧型交通系統的核心技術	李德財 張韻詩 廖弘源 張韻詩 石維寬等 林桂傑 林峰田 何建明 廖弘源 楊致芳 黃文良	本院資訊所 本院資訊所 本院資訊所 美國伊利諾大學 清華資訊系 美國加州大學 台大建築與城鄉研究所 本院資訊所 本院資訊所 本院資訊所 本院資訊所	五百萬元
6	台灣地區氣膠及其對環境之影響 -2懸浮微粒物理特性量測與校驗 -3台灣地區大氣懸浮微粒所含水溶性離子量測 -6台灣及亞太地區的地面及空中碳氫化合物及鹵碳化物偵測評估 -7台灣地區氣態粒子物理定性研究 -8氣膠對台灣環境之影響：資料分析及模式發展與評估	劉紹臣 林博雄 楊廣苓 陳太逸 陳正平 劉紹臣	本院地球所 台大大氣科學 本院地球所 本院地球所 台大大氣科學 本院地球所	一千萬元

B：生物組

編號	計畫名稱 （子計畫名稱）	主持人	單　　　　　　位	補助金額
1	新奇酵素之結構、功能及設計 -1台灣龜殼花蛇毒所含具抗血栓功能蛋白酵素的結構研究 -2順式異戊烯鏈延長脢之結構探討 -4新奇酵素之高速結構分析	王惠鈞 邱式鴻 梁博煌 王惠鈞	本院生化所 本院生化所 本院生化所 本院生化所	五百二十萬元
2	選殖、探討新基因群在調控精細胞生成過程中的角色 -1小鼠精細胞專一性homeobox gene Gsh-1在精細胞生成之分子功能性探討 -2斑馬魚性腺分化時cyp19的功能 -3研究探討新發現鋅指蛋白參與精細胞生成之機轉 -4探討生長遏止專一性基因在精細胞生成過程之功能機轉	林淑端 唐　堂 李　鴻 鍾邦柱 唐　堂 林淑端	本院分生所 本院生醫所 本院分生所 本院分生所 本院生醫所 本院分生所	五百萬元

C：人文組

編號	計畫名稱 （子計畫名稱）	主持人	單　　　　　　　位	補助金額
1	明清的社會與生活 -1明清文人的生活形態及其轉變 -2 中國傳統的城市生活�以揚州為例（十六至十九世紀） -3 清人的感情生活�以刑案口供為例 -5 清代敘事文學資料與婦女生活 -6 清代家庭史 -7 信仰、節慶與民變�明清 民間信仰與城市民變的關係 -10明清蘇州地區的繪畫文化與社會生活 -11明清視覺文化中詩意圖之通俗化	王汎森 李孝悌 王汎森 李孝悌 劉錚雲 胡曉真 賴惠敏 巫仁恕 王正華 馬孟晶	本院史語所 本院史語所 本院史語所 本院史語所 本院史語所 本院文哲所 本院近史所 本院近史所 師大美術系 國立故宮博物院書畫處	補助二百六十萬六千元
2	「學習2000」 -1人力資本之理論與實證 -2有關心理健康研究的方法問題及其解決之道 -3台灣教育長期追綜資料庫作業計畫 　 　 -5分流學制與教育經驗：生命史的研究 -6何種因素產生有效能的學校	譚康榮 譚康榮 吳齊殷 王文中 張苙雲 胡克葳 黃璧惠 謝小芩 黃璧惠 譚康榮 鄭同僚	本院歐美所 本院歐美所 本院社科所 中正心理系 本院社會所 本院調查研究工作室 本院歐美所 清華大學通識教育 本院歐美所 本院歐美所 政大教育系	三百二十七萬三千元
3	平埔族與台灣歷史的研究 -1平埔族的語言 -4傳說世界與族群歷史---十八至二十世紀初的蘇花海岸地域 -7平埔族群的婚姻網絡---南崁溪流域為例 -8十七世紀蘇花海岸地域的歷史與族群 -9高雄縣大武壟社群宗教信仰之調查	李壬癸 李壬癸 詹素娟 張素玢 康培德 簡炯仁	本院語言所 本院語言所 本院台史所 淡大歷史系 花蓮師院 高苑技術學院	二百六十六萬九千元
4	中國各民族的形成過程 　 -1漢化與去漢化與少數民族化過程研究 　 -3 以分子生物學技術探討現代中國人的起源 -4中國各民族語言的形成與發展	王士元 李文雄 王明珂 王明珂 潘英海 林冠群 李文雄 王士元	香港城市大學 美國芝加哥大學 本院史語所 本院史語所 本院民族所 中正大學歷史所 美國芝加哥大學 香港城市大學	三百四十一萬四千元