科技部為鼓勵博士後研究人員發表創新優質重要學術著作，獎助國家未來學術菁英長期深入科技研究，特設博士後研究人員學術著作獎，104年度本院有16位獲獎人員，其中10位獲獎者(*)為曾任或現任本院「建立博士後研究人員制度」計畫所培育的博士後研究人員。
　　該部每年遴選人數以40名為原則，獲獎人員由科技部頒發獎金新臺幣10萬元及獎牌一面。
　　本院獲獎人員名單如下：
　　*1 沈之涯（資訊科技創新研究中心）
　　*2 林哲生（植物暨微生物學研究所）
　　*3 拿格拉（植物暨微生物學研究所）
　　*4 蔡皇龍（植物暨微生物學研究所）
　　  5 張慶祖（環境變遷研究中心）
　　  6 曾琬鈴（環境變遷研究中心）
　　*7 黃瀚寧（細胞與個體生物學研究所臨海研究站）
　　  8 吳恒祥（基因體研究中心）
　　  9 張承修（基因體研究中心）
　 　 10 丁　浩（地球科學研究所）
　　*11 陳泓錫（生物醫學科學研究所）
　　*12 吳宗賢（生物多樣性研究中心）
　　*13 李詠傑（天文及天文物理研究所）
　　  14 那思琳（天文及天文物理研究所）
　　*15 陳文清（化學研究所）
　　*16 林熙強（中國文哲研究所）